James Fraser, Stephanie A. Wankowicz e Karson Chrispens revisaram AlphaFold as a Prior: Experimental Structure Determination Conditioned on a Pretrained Neural Network Biologia MolecularQuímica de MateriaisFísica Atômica e Molecular, e Ótica Avaliação publicada 16 de julho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Gyuna, James Fraser, JINGYOU RAO e 1 outro autor revisaram Conserved energetic changes drive function in an ancient protein fold Biologia MolecularGenética Avaliação publicada 3 de julho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
CJ San Felipe, James Fraser e 1 outro autor revisaram The temperature dependence of binding entropy is a selective pressure in protein evolution Biologia MolecularQuímica Física e Teórica Avaliação publicada 26 de junho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Karson Chrispens, Isaiah Hazelwood e James Fraser revisaram Have protein-ligand co-folding methods moved beyond memorisation? Teoria Computacional e MatemáticaQuímica de MateriaisBiologia Molecular Avaliação publicada 20 de junho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Karson Chrispens, Stephanie A. Wankowicz e James Fraser revisaram Boltz-2: Towards Accurate and Efficient Binding Affinity Prediction Avaliação publicada 20 de junho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Nikhil Gupta, James Fraser e 2 outros autores revisaram Oligomerization enables the selective targeting of intrinsically disordered regions by small molecules Biologia Molecular Avaliação publicada 16 de junho de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Isaiah Hazelwood, James Fraser, Willow Coyote-Maestas e 1 outro autor revisaram Energetic and structural control of polyspecificity in a multidrug transporter Química Física e TeóricaBiologia Molecular Avaliação publicada 15 de maio de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
Karson Chrispens e James Fraser revisaram InterPLM: Discovering Interpretable Features in Protein Language Models via Sparse Autoencoders Inteligência ArtificialBiologia Molecular Avaliação publicada 24 de janeiro de 2025 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser, Rishav Mitra e Priyanka Bajaj revisaram Computational enzyme design by catalytic motif scaffolding Biologia Molecular Avaliação publicada 14 de dezembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
CJ San Felipe, James Fraser e Jessica Flowers revisaram Heterogeneity in ligand-bound TRPV1: A comparison of methods in cryo-EM and molecular dynamics simulation Sistemas SensoriaisEngenharia MecânicaQuímica Física e Teórica Avaliação publicada 3 de dezembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser, Jessica Flowers e 1 outro autor revisaram Seeing Double: Molecular dynamics simulations reveal the stability of certain alternate protein conformations in crystal structures Química de MateriaisBiologia Molecular Avaliação publicada 1 de dezembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser e ziyue zou revisaram Effects of residue substitutions on the cellular abundance of proteins Biologia MolecularQuímica de Materiais Avaliação publicada 29 de outubro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser revisou Probing the modulation of enzyme kinetics by multi-temperature, time-resolved serial crystallography Química de MateriaisBiologia Molecular Avaliação publicada 23 de setembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser revisou Bioorthogonal labeling of chitin in pathogenic Candida species reveals biochemical mechanisms of hyphal growth and homeostasis Doenças InfecciosasQuímica OrgânicaCiência dos Alimentos Avaliação publicada 22 de setembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser e Avi J. Samelson revisaram Massively parallel genetic perturbation reveals the energetic architecture of an amyloid beta nucleation reaction FisiologiaBiologia Molecular Avaliação publicada 22 de setembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser, Jessica Flowers e 1 outro autor revisaram Unveiling Cas8 Dynamics and Regulation within a transposon-encoded Cascade-TniQ Complex Biologia MolecularBiologia Celular Avaliação publicada 1 de setembro de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
James Fraser, Luisa Vasconcelos, Liyi Cheng, Samantha Lish, S. Chan Baek, Lang Ding, Alexandra Probst, Naiya Phillips, William Grubbe, Youchen Guan e 2 outros autores do HHMI Transparent and Accountable Peer Review Training Pilot revisaram Virion morphology and on-virus spike protein structures of diverse SARS-CoV-2 variants Doenças InfecciosasEcologia Avaliação publicada 4 de março de 2024 Servidor de preprints bioRxiv
Christian Macdonald, James Fraser, David Byun e Jeffrey Zheng revisaram The herbicide acetochlor causes lipid peroxidation by inhibition of glutathione peroxidase 4 Biologia MolecularCiência das Plantas Avaliação publicada 11 de agosto de 2023 Servidor de preprints bioRxiv
Christian Macdonald, James Fraser, Ivan Chavez, Dani Rodea e Ashraya Ravikumar revisaram Decoding the Cure-all Effects of Ginseng Biologia MolecularFarmacologiaGeriatria e Gerontologia Avaliação publicada 30 de junho de 2023 Servidor de preprints bioRxiv
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Stephanie Wankowicz, Lena Bergmann e James Fraser revisaram The mineralocorticoid receptor forms higher order oligomers upon DNA binding Endocrinologia, Diabetes e MetabolismoGenéticaBiologia Molecular Avaliação publicada 23 de junho de 2023 Servidor de preprints bioRxiv
Christian Macdonald e James Fraser revisaram The conserved protein CBA1 is required for vitamin B12uptake in different algal lineages Biologia MolecularReumatologiaCiência das Plantas Avaliação publicada 1 de junho de 2023 Servidor de preprints bioRxiv
Christian Macdonald, James Fraser, Zhengya Liu e Catherine Shin revisaram Phosphorylation of pyruvate dehydrogenase marks the inhibition ofin vivoneuronal activity Neurociência Celular e MolecularPsicologia SocialNeurociência Cognitiva Avaliação publicada 26 de maio de 2023 Servidor de preprints bioRxiv
Christian Macdonald, James Fraser e Sonya Lee revisaram Higher-order epistasis creates idiosyncrasy, confounding predictions in protein evolution GenéticaBiologia Molecular Avaliação publicada 14 de outubro de 2022 Servidor de preprints bioRxiv