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PREreviews
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ziyue zou, James Fraser et Sofia Bali ont évalué Combining Stability-Centered Atomistic Design with Machine Learning for Targeted Enzyme Optimization
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et 1 autre auteur ont évalué On-target mutations confer resistance to WRN helicase inhibitors in Microsatellite Unstable Cancer Cells
- Oncologie
- Pathologie et médecine légale
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et Sofia Bali ont évalué Anticipating on-target resistance to WRN inhibitors in microsatellite unstable cancers
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Karson Chrispens et 1 autre auteur ont évalué Density-guided AlphaFold3 uncovers unmodelled conformations in β 2 -microglobulin
- Chimie des matériaux
- Biologie moléculaire
- Génétique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Andres Olavarrieta Colasurdo, James Fraser, Brian Cheung et Varvara Shvareva ont évalué De novo design of protein nanoparticles with integrated functional motifs
- Biologie moléculaire
- Écologie
- Biologie structurale
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Andoni I Asencor, Jonah Frazier, James Fraser et Brian Cheung ont évalué Towards pharmacokinetic profile predictions for monoclonal antibodies using sequence based machine learning derived parameters and compartmental modeling
- Radiologie, médecine nucléaire et imagerie
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Barbara S. Perez, James Fraser, Parmis Abdoli et 1 autre auteur ont évalué Fung-AI: An AI/ML-driven pipeline for antifungal peptide discovery
- Microbiologie
- Pharmacologie
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Bivas Nag, James Fraser, Jane E. Oberhauser et Brian Cheung ont évalué TissueFormer: Extending single-cell foundation models to predict population-level phenotypes
- Biologie moléculaire
- Biophysique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Beau Lonnquist, Adam Fillion, James Fraser et Brian Cheung ont évalué Zero-shot design of a de novo metalloenzyme
- Énergies renouvelables, développement durable et environnement
- Chimie organique
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et ziyue zou ont évalué DeepDOX1: A Dual-Drive Framework Integrating Deep Learning and First-Principles Physics for Drug-Protein Affinity Prediction
- Théorie computationnelle et mathématiques
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Sofia Bali, Alexander, Alex Tong et James Fraser ont évalué PathDiffusion: modeling protein folding pathway using evolution-guided diffusion
- Biologie moléculaire
- Physique atomique et moléculaire et optique
- Mathématiques computationnelles
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et 1 autre auteur ont évalué X-ray Crystallography-Guided Design and Synthesis of Cyclopentyl Heteroaryl Carboxylic Acid based Inhibitors of the SARS-CoV-2 Nsp3 Macrodomain (Mac1)
- Biologie moléculaire
- Chimie organique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- ChemRxiv
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James Fraser et Joseph Bondy-Denomy ont évalué Generative design of novel bacteriophages with genome language models
- Écologie
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Stephanie A. Wankowicz et Karson Chrispens ont évalué AlphaFold as a Prior: Experimental Structure Determination Conditioned on a Pretrained Neural Network
- Biologie moléculaire
- Chimie des matériaux
- Physique atomique et moléculaire et optique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Gyuna, James Fraser, JINGYOU RAO et 1 autre auteur ont évalué Distinct energetic blueprints diversify function of conserved protein folds
- Biologie moléculaire
- Génétique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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CJ San Felipe, James Fraser et 1 autre auteur ont évalué The temperature dependence of binding entropy is a selective pressure in protein evolution
- Biologie moléculaire
- Chimie physique et théorique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Karson Chrispens, Isaiah Hazelwood et James Fraser ont évalué Have protein-ligand cofolding methods moved beyond memorisation?
- Théorie computationnelle et mathématiques
- Chimie des matériaux
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Karson Chrispens, Stephanie A. Wankowicz et James Fraser ont évalué Boltz-2: Towards Accurate and Efficient Binding Affinity Prediction
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Nikhil Gupta, James Fraser et 2 autres auteurs ont évalué Oligomerization enables the selective targeting of intrinsically disordered regions by small molecules
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Isaiah Hazelwood, James Fraser, Willow Coyote-Maestas et 1 autre auteur ont évalué Energetic and structural control of polyspecificity in a multidrug transporter
- Chimie physique et théorique
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Karson Chrispens et James Fraser ont évalué InterPLM: Discovering Interpretable Features in Protein Language Models via Sparse Autoencoders
- Intelligence artificielle
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Rishav Mitra et Priyanka Bajaj ont évalué Computational enzyme design by catalytic motif scaffolding
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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CJ San Felipe, James Fraser et Jessica Flowers ont évalué Heterogeneity in ligand-bound TRPV1: A comparison of methods in cryo-EM and molecular dynamics simulation
- Systèmes sensoriels
- Ingénierie mécanique
- Chimie physique et théorique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Jessica Flowers et 1 autre auteur ont évalué Seeing Double: Molecular dynamics simulations reveal the stability of certain alternate protein conformations in crystal structures
- Chimie des matériaux
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et ziyue zou ont évalué Effects of residue substitutions on the cellular abundance of proteins
- Biologie moléculaire
- Chimie des matériaux
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser a évalué Probing the modulation of enzyme kinetics by multi-temperature, time-resolved serial crystallography
- Chimie des matériaux
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser a évalué Bioorthogonal labeling of chitin in pathogenic Candida species reveals biochemical mechanisms of hyphal growth and homeostasis
- Maladies infectieuses
- Chimie organique
- Science des aliments
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser et Avi J. Samelson ont évalué Massively parallel genetic perturbation reveals the energetic architecture of an amyloid beta nucleation reaction
- Physiologie
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Jessica Flowers et 1 autre auteur ont évalué Unveiling Cas8 Dynamics and Regulation within a transposon-encoded Cascade-TniQ Complex
- Biologie moléculaire
- Biologie cellulaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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James Fraser, Luisa Vasconcelos, Liyi Cheng, Samantha Lish, S. Chan Baek, Lang Ding, Alexandra Probst, Naiya Phillips, William Grubbe, Youchen Guan et 2 autres auteurs de HHMI Transparent and Accountable Peer Review Training Program ont évalué Virion morphology and on-virus spike protein structures of diverse SARS-CoV-2 variants
- Maladies infectieuses
- Écologie
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald, James Fraser, David Byun et Jeffrey Zheng ont évalué The herbicide acetochlor causes lipid peroxidation by inhibition of glutathione peroxidase 4
- Biologie moléculaire
- Sciences végétales
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald, James Fraser, Ivan Chavez, Dani Rodea et Ashraya Ravikumar ont évalué Decoding the Cure-all Effects of Ginseng
- Biologie moléculaire
- Pharmacologie
- Gériatrie et gérontologie
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald, James Fraser, Ilayda Alkislar et Nicholas Freitas ont évalué Deep Boosted Molecular Dynamics (DBMD): Accelerating molecular simulations with Gaussian boost potentials generated using probabilistic Bayesian deep neural network
- Biologie moléculaire
- Chimie physique et théorique
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Stephanie Wankowicz, Lena Bergmann et James Fraser ont évalué The mineralocorticoid receptor forms higher order oligomers upon DNA binding
- Endocrinologie, diabétologie et métabolisme
- Génétique
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald et James Fraser ont évalué The conserved protein CBA1 is required for vitamin B 12 uptake in different algal lineages
- Biologie moléculaire
- Rhumatologie
- Sciences végétales
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald, James Fraser, Zhengya Liu et Catherine Shin ont évalué Phosphorylation of pyruvate dehydrogenase marks the inhibition of in vivo neuronal activity
- Neurosciences cellulaires et moléculaires
- Psychologie sociale
- Neurosciences cognitives
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv
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Christian Macdonald, James Fraser et Sonya Lee ont évalué Higher-order epistasis creates idiosyncrasy, confounding predictions in protein evolution
- Génétique
- Biologie moléculaire
- Évaluation publiée
- Serveur de preprints
- bioRxiv