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O objetivo deste artigo é discutir os principais desafios para a implementação de políticas integradas e sistêmicas, com vistas à transição sustentável dos sistemas alimentares. Para tanto, foi utilizada como objeto a estratégia Farm to Fork, elaborada pela União Europeia para promover uma transição justa e sustentável nos sistemas alimentares do continente. Com base na análise de documentos, planos, relatórios e artigos, foi possível identificar quatro desafios principais para a implementação da estratégia: i) prevalência do viés setorial dos investimentos no fomento a nichos; ii) concentração dos investimentos nos setores convencionais e fragilidade dos instrumentos para condicionar as ações das corporações; iii) baixa incidência dos incentivos institucionais e econômicos sobre a diversidade dos modelos produtivos; e iv) pouco investimento nas ações de caráter territorial.