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Objetiva-se neste artigo caracterizar a assistência ofertada às crianças com alergia ao leite em programas públicos e os desafios enfrentados na sua implantação, no contexto da pré-incorporação no Sistema Único de Saúde de três fórmulas infantis para alergia ao leite. Estudo exploratório, transversal e abordagem quantitativa. Foram avaliados 21 programas e/ou serviços (15 municipais e 6 estaduais) de todas as regiões brasileiras. O principal indutor da criação destes programas foi a judicialização (80,9%) e o fornecimento destas fórmulas especiais era realizado às crianças com até 2 anos de idade. Dentre as principais dificuldades para criação e execução destes programas, a falta de recursos humanos e financeiros foram as razões mais presentes, representando 71,4% e 61,9%, respectivamente. A estratégia mais adotada para redução dos custos foi a adequação das normas e protocolos (61,9%). Não houve diferença significativa entre os programas estaduais e municipais. Este estudo apresenta uma avaliação inédita e detalhada sobre os programas trazendo discussões que corroboram na tomada de decisões, uso racional de recursos públicos, melhor assistência às crianças e fortalecimento do sistema de saúde nacional. Palavras-Chave: Sistema Único de Saúde. Avaliação de Programas e Projetos de Saúde. Continuidade da Assistência ao Paciente. Hipersensibilidade a Leite. Gestor de Saúde.