O artigo analisa o papel ambíguo da Igreja Católica na escravidão indígena e africana no Brasil colonial e imperial entre os séculos XVI e XIX. Discute-se como a instituição participou simultaneamente da legitimação do sistema escravista dos negros africanos e da formulação de discursos de defesa da humanidade dos povos indígenas. A partir de bulas papais, legislação colonial e interpretações historiográficas, examinam-se o padroado, a atuação jesuítica, a “guerra justa” e a diferença entre a postura da Igreja diante da escravidão indígena e africana. Argumenta-se que a Igreja colonial esteve profundamente integrada ao projeto político português, funcionando muitas vezes como instrumento de sustentação da ordem escravista, ainda que setores do clero tenham criticado abusos e defendido limites morais ao cativeiro. no contexto do Brasil Imperial a Igreja Católica continuou fortemente subordinada ao Estado por meio do regalismo e da herança do padroado, funcionando mais como sustentação da ordem social e política do que como força autônoma de transformação social.