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Introdução: Atualmente emerge em nosso meio aplicações mais relevantes dos derivados perinatais, por exemplo, a membrana amniótica (MA), como fonte de biomateriais para emprego em diferentes processos cicatriciais. O comprometimento anastomótico por drogas antimetabólicas como o 5-fluorouracil (5-FU) é um potencial alvo da MA. Objetivo: Avaliar os efeitos cicatriciais do uso da MA em ratos tratados com 5-FU na dose de 20 mg/kg ao 7º. dia de evolução pós-operatória quanto aos parâmetros porcentagem de colágeno tipo I (maduro), viabilidade celular, densidade microvascular e formação do tecido de granulação. Método: Utilizaram-se 32 ratos da linhagem Wistar submetidos à colotomia e colorrafia separados em 4 grupos com 8 e receberam diferentes tratamentos diariamente por via intraperitoneal até o dia do sacrifício: Solução fisiológica (C), 20  mg/kg 5-FU, 20 mg/kg 5-FU e MA, MA. Resultados: O tratamento com 20 mg/kg de 5-FU, ao 7º. dia pós-operatório induziu efeitos adversos no processo cicatricial anastomótico evidenciados pela diminuição da porcentagem de colágeno tipo I (maduro), da viabilidade celular, da densidade microvascular, da formação de crosta fibrinoleucocitária e da proliferação angiofibroblástica; o uso da MA nestas condições induziu melhora da porcentagem de colágeno tipo I (maduro). Conclusão: O tratamento com 20 mg/kg de 5-FU, ao 7º. dia pós-operatório induziu efeitos adversos no processo cicatricial anastomótico e o uso da MA nestas condições induziu melhora da porcentagem de colágeno tipo I (maduro).